Une augmentation marquée des résistances à ce traitement a été enregistrée. Pour cette raison, certains estiment que les recommandations actuelles ne sont plus efficaces. Des travaux récents montrent que cette technologie trouve également des applications dans l'étude des effets globaux des antibiotiques. Les auteurs de ce travail estiment que cet antibiotique pourrait être employé dans le traitement des infections urinaires à entérocoques vancomycine-résistant.

L'utilisation de la ciprofloxacine doit être évitée chez les patients ayant présenté des effets indésirables graves lors de l'utilisation antérieure de médicaments contenant une quinolone ou une fluoroquinolone voir rubrique Effets indésirables. Ceci est d'autant plus à prendre en compte que le taux de résistance d' Escherichia coli aux quinolones est en augmentation. Des réactions d'hypersensibilité et d'allergie, y compris des réactions anaphylactiques et anaphylactoïdes, peuvent survenir dès la première prise voir rubrique Effets indésirables et peuvent mettre en jeu le pronostic vital. De très rares cas d'effets indésirables graves, persistants durant plusieurs mois ou années, invalidants et potentiellement irréversibles, portant sur différents organes, parfois avec atteintes multiples musculo-squelettiques, nerveux, psychiatriques et sensoriels, ont été rapportés chez des patients recevant des quinolones ordre cipro des fluoroquinolones, indépendamment de leur âge et de facteurs de risque préexistants.

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